Urodził się 20 lutego 1940 roku w Radomsku. Od 1946 roku mieszkał w Gdańsku.

W roku 1965 po ukończeniu Gdańskiego Seminarium Duchownego otrzymał święcenia kapłańskie. W roku 1974 uzyskał tytuł doktora teologii biblijnej na Uniwersytecie św. Tomasza z Akwinu w Rzymie.

Od roku 1975 był wykładowcą teologii biblijnej Nowego Testamentu w Gdańskim Seminarium Duchownym.

Ks. Kowalczyk wydał kilka książek teologicznych: Wpływ typologii i tekstów Starego Testamentu na redakcję Ewangelii św. Mateusza, Gdańsk 1993, drugie wyd., Pelplin 2004; Geneza Ewangelii Marka, Pelplin 2004; Geneza Ewangelii Łukasza, Pelplin 2006; Chrześcijaństwo jako doświadczenie Boga, Pelplin 2008; Kurs teologii życia wewnętrznego, Pelplin 2008; Problem synoptyczny, Pelplin 2009. Jest też autorem następujących książek: Europa jakiej nie znasz, Gdańsk 1996; Przejście Pana w miasteczku Darłowo, Gdańsk 1999; O Maryi do słów akatystu, Gdańsk 2002; Uwierzyć w oczywiste, Pelplin 2008.

Po powrocie ze studiów w Rzymie oprócz pracy wykładowcy w Seminarium Duchownym ks. Andrzej Kowalczyk zajmował się przez wiele lat katechizacją młodzieży oraz przez pewien czas duszpasterstwem akademickim, grupami oazowymi ruchu Światło-Życie, a także czynny był w Szkole Nowej Ewangelizacji w Gdańsku, wspólnotę Marana Tha założył w roku 1997. W roku następnym został przez biskupa ordynariusza archidiecezji gdańskiej mianowany głównym egzorcystą archidiecezji gdańskiej, do końca życia nie zrezygnowł z tej posługi. Zmarł 20 lutego 2021 r. w dniu swoich 81 urodzin na skutek powikłań po COVID-19.

Treść pożegnania w dniu pogrzebu 24 lutego 2021 r. wygłosił starszy animator wspólnoty i wieloletni przyjaciel Krzysztof Kuczkowski. 

Pożegnanie / powitanie
Księdza Prałata Andrzeja Kowalczyka

Po odejściu do domu Pana Ks. Andrzeja Kowalczyka, najczęściej powtarzanym słowem we Wspólnocie Marana Tha jest słowo „wdzięczność”. To prawda, jesteśmy wdzięczni. Dziękujemy Bogu za Kapłana, który zmienił życie wielu z nas. Wielbimy Ciebie Panie Jezu za dar spotkania Księdza Andrzeja. Bądź uwielbiony za cechy w jakie Go wyposażyłeś, a więc za spokój, rozwagę, cierpliwość, również za cierpliwość z jaką On, wytrawny biblista, znosił nasze komentarze i interpretacje Pisma św., za miłość jaką nas otaczał, za czas, który nam darował, bo przeżywaliśmy z Nim nie tylko eucharystie i kursy ewangelizacyjne, ale też regularne spotkania formacyjne, rekolekcje, uroczystości rodzinne i spotkania towarzyskie, po prostu było nam z Nim dobrze. Dziękujemy za mądrość z jaką tłumaczył nam pisma, za roztropność z jaką strzegł jedności Wspólnoty, za przykład życia skromnego i nie szukającego swego, i za wiele jeszcze innych rzeczy, spośród których pierwsze było cudowne poczucie humoru. Dziękujemy Panie za dar tego Kapłana a dziękując, uwielbiamy Ciebie i błogosławimy.

W Ewangelii według św. Mateusza w przypowieści o talentach, Pan mówi do sługi, który pomnożył powierzone mu dobra: „wejdź do radości twego Pana”. Nie wiem, ile talentów do rozmnożenia otrzymał Ks. Andrzej, czy było ich 5 czy 2, Bóg to wie, ale mam głębokie przekonanie, że czekając na przyjście Pana nie próżnował. Pracował w winnicy Pańskiej cierpliwie i wytrwale. Skupił wokół siebie setki osób nie po to, żeby mieć je dla siebie, ale żeby je zaprowadzić do Boga. Z jednymi pracował wiele lat, nie licząc czasu i energii, innych rzucał na głęboką wodę, bo wierzył, że skoro już wybrały Jezusa, to Pan nie pozwoli im utonąć. Dla jednych był ojcem, dla innych bratem, przyjacielem, nauczycielem, dla wszystkich – Pasterzem. We wspólnocie Marana Tha byliśmy świadkami wielu nawróceń, duchowych przemian, uwolnień i uzdrowień. Wielu z nas zakochało się w kościele, który zaczęliśmy odczytywać jako wielki, bezinteresowny i niczym niezasłużony dar Boga dla ludzi. Czy to mało? Bóg to osądzi, ja jednak myślę sobie, że nasz Ks. Andrzej, już usłyszał: „wejdź do radości twego Pana”.

Żegnamy Ciebie, Pasterzu Wspólnoty, jako moderatora, witamy jako patrona i opiekuna duchowego.